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La déforestation est la conversion de zones boisées en zones non-boisées. Plus du cinquième de la forêt amazonienne a déjà été détruite, et celle qui reste est menacée. En l'espace de seulement dix ans, la surface de forêt perdue en Amazonie atteint entre 415 000 et 587 000 km² - la France a une superficie totale de 500 000 km2 - avec la majeure partie de forêt perdue devenant des pâturages pour le bétail.

Au Brésil, l'Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Institut national de recherche spatiale) produit tous les ans des chiffres sur la déforestation. Leur estimation est basée sur 100 à 220 images prises durant la saison sèche par le satellite Landsat, et considère uniquement la perte du biome de la forêt amazonienne - pas la perte d'espace naturel ou de savane dans la forêt. Selon l'INPE, le biome de la forêt amazonienne, originellement de 4 100 000 km² au Brésil, a été réduit à 3 403 000 km² en 2005, ce qui représente une perte de 17,1%.

Contrairement à ce que beaucoup de personnes s'imaginent, les sols de l'Amazonie sont relativement pauvres. La majorité des terres amazoniennes non inondables (terra firme) sont peu fertiles. Toutefois, elles sont parsemées de poches de bonnes terres (terra roxa) : ces sols sont des anthrosols résultant de l'activité humaine, et enrichis par l'accumulation progressive de déchets et de cendres. Ce sont ces terres qui sont cultivées de nos jours. En effet, c'est en partie à cause de cette dernière action que la forêt amazonienne est maintenant en danger.

Le système forestier est extrêmement sensible au moindre changement local, tel que sécheresse, déforestation, ouverture de la canopée. Ces derniers résultent en l'assèchement des strates, la destruction des microorganismes assurant le renouvellement des éléments minéraux, l'érosion du sol, le lessivage des éléments nutritifs.