Différents témoignages ont été recueillis quant à l'origine des Incas. Selon la légende de Manco Capac et Mama Ocllo, les Incas descendent de Manco Capac. Celui-ci serait sorti du lac Titicaca avec sa sœur-épouse Mama Ocllo, envoyés par Viracocha, le dieu créateur, pour apporter la civilisation aux hommes après le grand déluge qui avait tout dévasté.
Ils voyagèrent jusqu'à ce que le bâton magique en or de Manco s'enfonce totalement dans la terre pour leur désigner le lieu où s'établir : la terre de ce lieu serait suffisamment riche pour les accueillir. C'est là qu'ils fondèrent la première ville inca qui deviendra Cuzco, c'est-à-dire le « nombril » en quechua. Manco Capac enseigna alors aux hommes l'agriculture et l'artisanat, et Mama Ocllo enseigna aux femmes l'art du tissage.
À l'heure actuelle, l'origine géographique des premiers Incas reste discutée, l'hypothèse communément admise étant qu'ils provenaient des rives du lac Titicaca, à la frontière du Pérou et de la Bolivie. Le rapprochement est souvent évoqué avec la civilisation méconnue de Tiahuanaco (en Bolivie). Le lac Titicaca est une véritable mer intérieure de plus de 8 000 km², à 3 812 m d'altitude. Il s'agirait d'un groupe d'hommes menés par Manco Capac ; après une migration vers le nord, celui-ci s'allie avec quelques communautés quechuas pour déloger les habitants de la vallée du Cuzco. Ce sont dès lors tous les descendants de ces premiers colons ainsi que leurs alliés qui sont considérés comme Incas.
D'autres sources évoquent une origine amazonienne. La présence des incas en Amazonie est attestée par la découverte de la cité agricole inca de Mameria par deux explorateurs franco-péruviens en 1979, Nicole et Herbert Cartagena. Le jeune archéologue et explorateur français Thierry Jamin vient d'officialiser en 2006 la découverte de trois géoglyphes anthropomorphiques (d'énormes visages gravés à flan de montagne), et étant la réplique d'un visage présent sur la paroi des pétroglyphes de Pusharo découverts dès 1921 par Vicente de Cenitagoya (signes gravés dans la pierre). Pour Thierry Jamin, qui a découvert de nouveaux pétroglyphes à Pusharo, leur interprétation permet de dresser une « carte mémoire » de la zone. Il espère ainsi trouver de nouveaux sites incas et notamment la mythique cité perdue Païtiti, après près d'un siècle d'expéditions infructueuses dans la forêt amazonienne.