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Contrairement à ce que beaucoup de personnes s'imaginent, les sols de l'Amazonie sont relativement pauvres. La majorité des terres amazoniennes non inondables (terra firme) sont peu fertiles. Toutefois, elles sont parsemées de poches de bonnes terres (terra roxa) : ces sols sont des anthrosols résultant de l'activité humaine, et enrichis par l'accumulation progressive de déchets et de cendres. Ce sont ces terres qui sont cultivées de nos jours. En effet, c'est en partie à cause de cette dernière action que la forêt amazonienne est maintenant en danger.

Le système forestier est extrêmement sensible au moindre changement local, tel que sécheresse, déforestation, ouverture de la canopée. Ces derniers résultent en l'assèchement des strates, la destruction des microorganismes assurant le renouvellement des éléments minéraux, l'érosion du sol, le lessivage des éléments nutritifs.