Différents témoignages ont été recueillis quant à l'origine des Incas. Selon la légende de Manco Capac et Mama Ocllo, les Incas descendent de Manco Capac. Celui-ci serait sorti du lac Titicaca avec sa sœur-épouse Mama Ocllo, envoyés par Viracocha, le dieu créateur, pour apporter la civilisation aux hommes après le grand déluge qui avait tout dévasté.
Ils voyagèrent jusqu'à ce que le bâton magique en or de Manco s'enfonce totalement dans la terre pour leur désigner le lieu où s'établir : la terre de ce lieu serait suffisamment riche pour les accueillir. C'est là qu'ils fondèrent la première ville inca qui deviendra Cuzco, c'est-à-dire le « nombril » en quechua. Manco Capac enseigna alors aux hommes l'agriculture et l'artisanat, et Mama Ocllo enseigna aux femmes l'art du tissage.
À l'heure actuelle, l'origine géographique des premiers Incas reste discutée, l'hypothèse communément admise étant qu'ils provenaient des rives du lac Titicaca, à la frontière du Pérou et de la Bolivie. Le rapprochement est souvent évoqué avec la civilisation méconnue de Tiahuanaco (en Bolivie). Le lac Titicaca est une véritable mer intérieure de plus de 8 000 km², à 3 812 m d'altitude. Il s'agirait d'un groupe d'hommes menés par Manco Capac ; après une migration vers le nord, celui-ci s'allie avec quelques communautés quechuas pour déloger les habitants de la vallée du Cuzco. Ce sont dès lors tous les descendants de ces premiers colons ainsi que leurs alliés qui sont considérés comme Incas.
D'autres sources évoquent une origine amazonienne. La présence des incas en Amazonie est attestée par la découverte de la cité agricole inca de Mameria par deux explorateurs franco-péruviens en 1979, Nicole et Herbert Cartagena. Le jeune archéologue et explorateur français Thierry Jamin vient d'officialiser en 2006 la découverte de trois géoglyphes anthropomorphiques (d'énormes visages gravés à flan de montagne), et étant la réplique d'un visage présent sur la paroi des pétroglyphes de Pusharo découverts dès 1921 par Vicente de Cenitagoya (signes gravés dans la pierre). Pour Thierry Jamin, qui a découvert de nouveaux pétroglyphes à Pusharo, leur interprétation permet de dresser une « carte mémoire » de la zone. Il espère ainsi trouver de nouveaux sites incas et notamment la mythique cité perdue Païtiti, après près d'un siècle d'expéditions infructueuses dans la forêt amazonienne.
Dans les Andes, de nombreuses communautés se réclamaient originaires ou descendantes de tel lieu sacré, de telle étoile ou de tel animal. C'est dans ce contexte qu'à partir du XVe siècle, les Incas se veulent être les fils du soleil (appelé Inti en quechua). Les Incas imposent donc le culte du soleil comme culte officiel dans l'empire : l'idole solaire côtoiera la myriade de divinités adorées dans l'empire. Il ne s'agit pas pour autant d'un culte monothéiste mais plutôt d'un animisme d'État.
Pour instituer le culte, les Incas bâtissent des temples dédiés principalement au soleil. Le plus célèbre de tous est le Coricancha (enclos d'or en quechua), temple du Soleil de Cuzco. Ce temple, principal dans l'empire, servait aussi de lieu de culte à d'autres entités divines comme Mama Quilla, la Lune, et Illapa, divinité de la foudre, de l'éclair et du tonnerre.
Le temple du Soleil à Cuzco, n'a pas subsisté aux ravages de la conquête. Il n'en reste aujourd'hui que quelques descriptions ainsi que quelques murs témoins de la splendeur de l'ouvrage. Il fut construit avec des pierres de taille s'ajustant parfaitement les unes dans les autres, sans ciment. Sa circonférence faisait plus de 365 mètres. À l'intérieur du temple trônait, entre autres trésors, un disque d'or représentant le Soleil ainsi qu'une représentation du Panthéon Inca. Il s'y trouvait également un jardin sacré où tous les éléments de la nature étaient représentés sous la forme de statuettes entièrement en or, métal symbolique du soleil.
En signe d'allégeance ou de véritable vénération, les peuples soumis par les Incas bâtirent dans leurs provinces de nombreux lieux de culte du soleil. Certains sont encore visibles de nos jours, ils témoignent de l'extension géographique du culte. Au Pérou, on trouvera le temple de Vilcashuaman. Près du plus haut sommet du Pérou, le Huascarán, se trouvait un temple où avaient lieu des sacrifices. En Bolivie, un temple du Soleil avait aussi été érigé sur la isla del Sol du lac Titicaca. Une fois par an, un lama est immolé. La tête et les pattes de l'animal sont enterrées sur une colline de l'île du soleil en plein lac Titicaca. À Caranqui, Équateur, se trouve un temple qui autrefois contenait des jarres pleines d'or et d'argent.
La principale fête de l'empire était l'Inti Raymi. Elle se déroulait le 21 juin, solstice d'hiver et jour le plus court dans l'hémisphère sud. En remerciement de toutes les bonnes choses de l'année précédente, elle servait également à demander la protection du soleil pour les semences qui allaient commencer bientôt.
Pour l'office du culte, les chroniqueurs nous rapportent qu'un tiers des terres cultivées dans les communautés étaient attribuées au Soleil. La mise en culture de ces terres constituait à la fois une forme de culte et une forme d'imposition économique.
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